Aunque para la Navidad de 1872 ya se había inaugurado el Templo San José de los RRPP Jesuitas de Puerto Montt -el que es el inmueble más antiguo de la comuna y que fuera construido solo en un año- su habilitación duró muchos años más vinculándose a la transformación de su pequeña escuela en un colegio que hoy es uno de los más influyentes de la región.

Cuatro años después de la bendición e inauguración del Templo San José de los RRPP Jesuitas - es decir en 1876- se puede decir que se terminan los trabajos de su interior: "Nuestra iglesia ya está casi llegando a su fin y esto gracias a la ayuda de nuestros hermanos coadjutores (maestrillos o estudiantes para ser jesuitas diríamos actualmente), en tan breve tiempo.

El mayor ornato son las 14 columnas de estilo corintio que parecen de mármol. Las hojas de los capiteles las hizo el H. Struck, las pinturas el H. Bartling. En septiembre se agregaron dos obras hermosas, el comulgatorio y el púlpito. Son monumentos de arte perenne, tales como hay en pocas iglesias del país".

El 18 de enero de 1877 llega a Puerto Montt el R.P. Clement Faller SJ ,en representación del R.P. Homs, superior de la misión en Chile. Él cierra un capítulo muy importante para la congregación local ya que se lleva al padre Enrich de Puerto Montt para nunca más volver: "Quien había sido superior de esta casa y párroco desde el año 1869. Todos los de esta región, tanto los nuestros como los parroquianos conservarán un grato recuerdo…por el ejemplo de laboriosidad infatigable y de paciencia incansable que dio a todos. En verdad las obras que salieron de sus manos permanecen en nosotros como un monumento perpetuo, en especial nuestra iglesia con sus altares y su púlpito tan hermoso. El R.P. Enrich no pudo permanecer más tiempo en estas regiones por su peligrosa enfermedad, y así por disposición de los superiores ha sido trasladado a un mejor sitio de esta república", al poco tiempo falleció en Concepción en 1883 a los 65 años de edad.

En el año 1880 la escuela San José original que existía antes de la construcción del templo, es complementada con un internado que ellos deciden llamar San Francisco Javier para lo que inician una nueva construcción de importantes dimensiones: "El terreno en el cual se edificará la casa y que servirá también para huerto, se compró en el precio de 1.600 pesos. Para la estructura del edificio se deberán pagar 10.000 pesos. Las puertas, ventanas y otros lo harán nuestros hermanos coadjutores. Mucho en esto nos ayudó en este asunto la amistad del Intendente civil de esta provincia, Manuel José Olavarrieta, quien, para evitar peleas con los vecinos, él mismo hizo medir e indicó los límites".

Cierre de escuelas

En 1881 el cierre de muchas escuelas públicas por la Guerra del Pacífico y la necesidad de evitar la influencia luterana entre los colonos del Lago Llanquihue que estaban más aislados, llevó a la construcción de un primer internado -nunca escuela- en la actual Población Modelo, al que llamaron Convictorio San Francisco Javier, ya que ellos admiraban el afán apostólico y de evangelización del santo

En 1882 el padre visitador permitió que se trasladaran a ella y vivieran cuatro sacerdotes jesuitas incluyendo al superior y en la residencia antigua de la actual población Modelo (Convictorio) vivieran otros ocho sacerdotes, incluyendo dos misioneros jesuitas, aunque también determinó "…que los nuestros de las dos casas formaran una sola comunidad". Finalmente "La casa San Javier quedó abierta para los alumnos el día 27 de abril, dedicado al padre Canisio. El R.P. superior bendijo la casa, la capilla y la imagen del crucifijo, y celebró la primera. Los alumnos, al principio, fueron pocos, pero al final del año, el número era de 24 internos; y el de externos igual. Al fin existía para los niños un lugar contra el peligro que amenazaba de herejía e impiedad".

En 1888 "…dos nuevos edificios fueron terminados y entregados al uso, uno para cocina y el otro para caballeriza…Nuestra iglesia mejoró con un nuevo altar mayor, muy hermoso y hecho con delicadeza, obra de nuestro hermano coadjutor Juan Strauck. También las columnas interiores que sostienen el peso del techo, que empezaba a podrirse, fueron removidas y hechas de nuevo…No faltaron este año para nosotros manifestaciones piadosas de parte de los bienhechores. Faltando una imagen de los tres mártires, Edmundo Campion, Alexander Briant y Tomás Cottan, para poder celebrar dignamente el triduo de la beatificación, una pintora de la ciudad de apellido Mira (quizás Elsa Martin), por devoción hacia los tres beatos pintó una imagen muy hermosa, la cual quedó colocada en medio del altar nuevo, atrayendo inmediatamente las miradas de todos los que entraban a la iglesia. Los demás buenos católicos, tanto los muchachos como las jóvenes, constantemente nos ayudan en el arreglo de la iglesia para las fiestas más solemnes, movidos por doble causa, una de gratitud por nuestros ministerios y otra de celo por las almas y devoción hacia los santos".

En marzo de 1895 se produjo definitivamente la unificación del total de los 12 sacerdotes y 48 alumnos (24 internos) al antiguo edificio ampliado (tercer piso y extensión hasta calle Vial) que albergaría el Colegio San Francisco Javier en Guillermo Gallardo.

En 1891 se comenzó a ejecutar otro de los tres grandes inmuebles del actual conjunto patrimonial ex San Javier que pese a su dimensión y trascendencia solo se menciona en un corto párrafo. Se trata de la Torre Campanario. "Se construyó una nueva torre en el cerro, adyacente a la iglesia para recibir las tres campanas nuevas, las que nos costaron 3.000 duros, con el precio de la torre incluido". Este edificio fue declarado Monumento Nacional en 1997 y los anteriores dos: Templo San José (1872) y ex Colegio San Javier (1883) son Inmuebles de Conservación Histórica protegidos por el Plano Regulador.