En 1789 se reabre nuevamente el Camino Real para comunicar por tierra los fuertes de Ancud con los de Valdivia. "El Fuerte de Carelmapu, de azarosa existencia, era el final del Camino Real, pero a la vez tenía relación con la defensa del Canal de Chacao contra el enemigo extranjero, razón por la cual se ha tratado en la fortificación de aquel sistema", según expone Gabriel Guarda, en 1990.

Las lejanas noticias acerca del inicio del proceso de independencia de Chile en 1810 significó el comienzo de una sangrienta guerra hasta 1826 para las gobernaciones de Chiloé y de Valdivia, donde la inmensa mayoría de la población se mostró leal a la corona constituyendo los batallones de voluntarios de Castro y Valdivia, los que eran la mayor parte de los ejércitos realistas que permitieron la reconquista de Chile (1814 a 1817) y que incluso, tras su derrota, siguieron combatiendo por el rey hasta el Alto Perú (actual Bolivia), llegando incluso a tomar la ciudad de Salta (Argentina).

Chiloé

En tres oportunidades el gobierno de Santiago intentó conquistar Chiloé resultando exitosa sola la última expedición de 1826. En la primera de ellas, Lord Cochrane tomó por sorpresa los fuertes de Valdivia, el 3 y 4 de febrero de 1820, luego de lo cual el coronel francés Jorge Beauchef tomó Osorno sin resistencia.

El 6 de marzo de 1820, a la altura de la Hacienda El Toro (10 kilómetros al sureste de la actual ciudad de Fresia), este oficial napoleónico logró derrotar a las tropas realistas, las que fueron protegidas por los williches, encontrando protección en la tríada de fuertes que habían protegido la isla de Chiloé desde comienzos del siglo XVII: Carelmapu, Calbuco y Maullín. Por los siguientes seis años, Chiloé -que se extendía por el norte hasta el río Maullín- siguió resistiendo la integración a Chile bajo la dirección del gobernador Antonio de Quintanilla (1787-1863).

La última vez que los fuertes de Maullín y de Carelmapu cumplieron con su función militar fue para la segunda expedición, esta vez dirigida personalmente por Ramón Freire, quien era director supremo (Presidente).

En la tarde del 1 de marzo de 1824 y desde Talcahuano se embarcaron 2.500 hombres en una escuadra de cinco buques de guerra y cuatro transportes. Se dividieron las fuerzas navales entre los coroneles Beauchef, Pereira y Rondizzoni. Mientras tanto los chilotes preparaban su defensa: "Con no menor actividad terminó Quintanilla por crear otro batallón en la isla de Calbuco, reclutó gente en San Carlos de Ancud, para engrosar su fuerza de artillería y dio órdenes a sus subalternos de Carelmapu y de Maullín para que enrolasen en las tropas de caballería, que allí había destacado, a todos los milicianos de aquellos lugares. Para esto no debía omitirse esfuerzo ni sacrificio de ninguna especie", expone Barros Arana, en 1856.

La expedición de Ramón Freire debió soportar una gran tormenta entre Valdivia y la entrada al Canal de Chacao, por lo que algunas embarcaciones quedaron maltrechas y dispersas, pero pese a eso "…el resto de la escuadra… siguió de cerca a aquella fragata sin hacer mucho caso de los fuegos que les dirigía el enemigo desde las baterías de punta la Corona y de Carelmapu…" Como Freire estaba confiado en su triunfo una vez que tomó el pueblo de Chacao, decidió enviar -el 28 de marzo- al bergantín Galvarino al mando de Manuel Riquelme, tío de Bernardo O'Higgins "…con 280 hombres de la guardia de honor y un cañón de montaña, para que, atravesando el canal, desembarcase en Carelmapu, atacase el fuerte de Maullín y marchase a encontrarse con las fuerzas de caballería de Osorno, que a las órdenes del Mayor Labé, debían haber invadido ese territorio por el lado norte…", según Barros Arana, en 1856.

Victoria

La victoria fue rápida para los independentistas. De hecho, el mismo gobernador Quintanilla menciona en sus informes posteriores dando cuenta de las fuerzas con las que contaba que en las guarniciones de "…Carelmapu, Maullín y Coronel (donde hoy está el muelle para cruzar a Chiloé)" que sumaban 486 soldados.

"En ese mismo día, Riquelme batió al enemigo, lo arrolló de nuevo más tarde y siguió una marcha triunfal por todos aquellos campos que se extienden a la orilla del Maullín", según Barros Arana, en 1856.

Incluso "los jinetes osorninos… llegaron después de su conquista. Riquelme desembarcó del Galvarino… se apoderó del fortín del Maullín y del pueblo de Carelmapu. El navío casi encalló por acercarse a la costa y debió abandonar sus dos anclas para volver a mar abierto", según López, en 2007.

La excesiva confianza del director supremo de Chile tras esa victoria y la resistencia atávica de una de las identidades culturales más fuertes del mundo, permitió que finalmente el 1° de abril de 1824 las fuerzas realistas, lideradas por José Rodríguez Ballesteros, triunfaran en la batalla de Mocopulli sobre las fuerzas de Jorge Beauchef.

El desconcierto que provocó esta derrota, sumada a la Guerra a Muerte (1819-1824), en donde gran parte del sur de Chile se resistía a integrarse, causaron una conmoción en toda América.

Aún había importante resistencia realista en las sierras de Perú la que sólo sería vencida con la batalla de Ayacucho, el 9 de diciembre de ese mismo año. Incluso el gobierno de Chile rechazó el ofrecimiento de Simón Bolívar de formar una expedición conjunta que incluiría 2.000 soldados colombianos.

Finalmente, el gobernante de Colombia y Perú exigiría al gobierno de Freire acabar con la amenaza que el Chiloé realista representaba para toda Sudamérica o lo anexaría a Perú.

Tercera expedición

La tercera expedición también dirigida por Ramón Freire zarpó de Valparaíso el 27 de noviembre de 1825. Obtuvo la victoria en las batallas de Pudeto y Bellavista del 13 y 14 de enero de 1826 con lo que era batido definitivamente el conjunto de fuertes de Ancud y se incorporaba forzosamente a la antigua Gobernación de Chiloé a Chile por medio del Tratado de Tantauco, ratificado el 19 de enero de 1826, que da cuenta de la categoría mundial de la identidad cultural chilota que pobló toda la enorme Patagonia chilena y argentina.